更新時間:2022-06-12
illumina二代測序儀MiSeq系統(tǒng)可通過各種測序應用為您的研究提供便利。它能夠自動生成雙端read,每次運行的產(chǎn)出高達15 Gb,每條read可提供600多個堿基的測序數(shù)據(jù)。它使用的文庫制備試劑盒已針對多種應用進行了優(yōu)化,包括靶向基因測序、小型基因組測序、擴增子測序、16S宏基因組學等。
Illumina公司推出的MiSeq是一臺在單個儀器上整合了擴增、測序和數(shù)據(jù)分析的新款測序儀,每次運行能產(chǎn)生超過1Gb的數(shù)據(jù),且占地面積僅為2平方英尺。MiSeq的流程和準確性,讓它成為快速且經(jīng)濟的遺傳分析的理想平臺,適合廣泛的應用。同時Illumina已被FDA大量采購并即將通過FDA認證,12年10月,MiSeq系統(tǒng)的測序通量已升級至8G左右。升級通過兩個方面完成,一個是cluster密度的增大,升級后cluster密度增加至15-17million,而pair-end讀取的reads數(shù)目將會增加至30-34million;另一方面是通過測序讀長而提升通量,測序讀長達到2*300bp,同時測序速度也有所提升。目前,Broad研究院已經(jīng)利用現(xiàn)有試劑實現(xiàn)了單端測序300bp讀長,Illumina目前內(nèi)部測序更是完成了2*400bp的pair-end測序。而這些,都是保證在高質(zhì)量數(shù)據(jù)結(jié)果的前提下完成的。
Illumina MiSeq測序時間和數(shù)據(jù)量
讀長(bp) | 時間 | 總數(shù)據(jù)量 | Q30 |
1×36 | ~4 hrs | 540-610 Mb | ﹥90% |
2×25 | ~5.5 hrs | 750-850 Mb | ﹥90% |
2×100 | ~16.5 hrs | 3.0-3.4 Gb | ﹥85% |
2×150 | ~24 hrs | 4.5-5.1 Gb | ﹥80% |
2×250 | ~39 hrs | 7.5-8.5 Gb | ﹥70% |
Illumina MiSeq讀取量比對
運行類型 | 通過過濾的讀?。ò偃f) | |
升級前 | 升級后 | |
單端讀取 | 5-7 M | 15-17 M |
末端配對讀取 | 10-14 M | 30-34 M |
illumina二代測序儀 MiSeq四大特性
1、較短的實驗周期:從樣品制備開始需要8小時即可得到超過100M的高質(zhì)量測序結(jié)果。
2、便捷的樣品制備流程:需50ngDNA模板,2小時的自動化操作就可以完成全部樣品制備工作。
3、測序原理:MiSeq繼續(xù)GA和HiSeq平臺的邊合成邊測序的化學原理。
4、完整的整合功能:MiSeq可以獨立完成簇生成,雙向測序及數(shù)據(jù)分析工作,讓經(jīng)費和實驗室空間不再成為NGS研究的障礙。
illumina二代測序儀 MiSeq應用范圍
1、轉(zhuǎn)錄組測序
派森諾MiSeq測序平臺是基因組已測序物種的轉(zhuǎn)錄組分析平臺。公司技術團隊目前已完成了包括斑馬魚在內(nèi)的多種植物、動物的轉(zhuǎn)錄組測序及分析。
2、宏基因組16S rDNA單V區(qū)測序
對16s rDNA的單V區(qū)(V3\V4)進行高通量測序,鑒定細菌群和古生菌群。派森諾的技術團隊使用Illumina MiSeq測序16S rDNA V4區(qū)并結(jié)合Roche 454 FLX+測序16S rDNA V1~V3區(qū)成功的對雞的腸道環(huán)境細菌進行了鑒定。
3、Small RNA測序
1*35bp的讀長配合了小RNA的測序長度,速度快,靈敏度高。派森諾的技術團隊目前已完成了鵝的小RNA測序和多種中草藥的小RNA測序。
4、重測序:包括全基因組重測序、簡化基因組測序、外顯子測序。
Illumina MiSeq非常適用于對微生物基因組的重測序,每次運行即可完成一個微生物基因組測序。2011年12月27日,派森諾的技術團隊利用MiSeq一次運行同時完成了乳酸菌(Lactobacillus casei Zhang和Lactobacillus casei P8)的重測序,基因組覆蓋深度為分別為404倍和213倍,比對至參考序列,基因組實現(xiàn)全覆蓋,同時檢測到了多種結(jié)構(gòu)變異,包括插入、缺失和SNP位點,并且檢測到了全部質(zhì)粒。
* 以上產(chǎn)品介紹及數(shù)據(jù)來源于Illumina,僅供參考,以Illumina為準。